Im nationalsozialistischen Strafvollzug stand die „Vergeltung als Zufügung eines Übels für schuldhafte Tat“ im Vordergrund. Dabei war der Arbeitseinsatz von Strafgefangenen von zentraler Bedeutung. 

Durch neue oder verschärfte Bestimmungen wie „Vorbereitung zum Hochverrat“, „Heimtücke“, „Rassenschande“, „Abhören von Feindsendern“ oder den § 175 kriminalisierte der NS-Staat immer neue Personenkreise. Neben den Konzentrationslagern entstand so im Raum der Gefängnisse und mit eigens errichteten Strafgefangenenlagern ein Bereich juristisch gedeckter Herrschaftswillkür. Neben den oft kaum geringeren Leiden als im KZ war der Strafvollzug für viele eine Durchgangsstation in das SS-Imperium. 

In den Kriegsjahren wurden in großer Zahl wehrmachtgerichtlich – unter anderem wegen „Fahnenflucht“ oder „Wehrkraftzersetzung“ – verurteilte Soldaten in die Haftstätten überführt. Zwecks Abschreckung sollten sie ihre eigentliche Strafe erst „nach Kriegsende“ antreten. Bis dahin wurden sie in „Sicherungsverwahrsam“ genommen. 

Ebenso kamen ausländische Gefangene, die in den deutsch besetzten Ländern unter anderem wegen Widerstandsaktionen verhaftet worden waren, in die Gefängnisse, Zuchthäuser oder Lager; viele wurden auf deutschem Boden exekutiert. 

Seit 1933 steigende Gefangenenzahlen in den Justizanstalten und die geplante Emslandkultivierung, ein Prestigeobjekt der Nationalsozialisten, führten zwischen 1934 und 1938 im Emsland zur Errichtung von 15 Strafgefangenenlagern. Bis 1945 wurden hier etwa 77.000 Justizgefangene, darunter 25.000-30.000 Soldaten, inhaftiert. Unter SA-Bewachung waren sie unmenschlichen Haft- und Arbeitsbedingungen ausgesetzt, die insbesondere in den Kriegsjahren von der immer extensiveren Ausnutzung der Arbeitskraft bestimmt waren. 

Mehr als 700 zivil- oder militärgerichtlich zum Tode Verurteilte wurden bis Kriegsende in einer 1937 im Strafgefängnis Wolfenbüttel eingerichteten Hinrichtungsstätte ermordet, darunter auch Frauen und Männer des westeuropäischen Widerstands.